O CEMA foi fundado em meados de 2000 por doutorandos do Museu de Arqueologia e Etnologia (MAE) e do Departamento de História da Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas (DH/FFLCH) da Universidade de São Paulo (USP).

O objetivo principal do Centro tem sido viabilizar e incentivar a realização e o crescimento, em nosso país, das pesquisas acadêmicas sobre os povos indígenas da Mesoamérica e dos Andes, especialmente dos períodos pré-hispânico e colonial, bem como promover o diálogo dessas pesquisas com as que se dedicam a populações nativas de outras regiões do continente ou de outros períodos históricos.

Para a efetivação desse objetivo, o CEMA tem realizado diversas atividades, entre as quais merecem destaque os Colóquios História e Arqueologia da América Indígena, o Seminário Permanente de História e Arqueologia da Mesoamérica e Andes e os grupos de estudo de quéchua e nahuatl, além da participação de seus membros em congressos, publicações e na organização e assessoria científica de exposições.

Mais informações sobre as atividades realizadas ou em realização podem ser obtidas, respectivamente, nas seções Histórico e Atividades. Atualmente, o CEMA é dirigido pelos seguintes membros-efetivos: Cristiana Bertazoni Martins (Pós-doutoranda/MAE), Eduardo Natalino dos Santos (DH/FFLCH) e Marcia Maria Arcuri (Pós-doutoranda/MAE). Além deles, o CEMA/USP conta ou contou com a participação de outros membros-efetivos, bem como com a cooperação de pesquisadores, de professores-colaboradores, de pesquisadores-visitantes e de estagiários. A relação desses imprescindíveis parceiros e os currículos dos membros-efetivos podem ser vistos na seção Quem Somos.